更新至:第17卷
宇宙世紀0096──在「夏亞之亂」三年後,住在工業殖民衛星的平凡少年巴納吉.林克斯,因為與神秘少女奧黛莉.伯恩的意外相逢,而被捲入一連串圍繞著「拉普拉斯之盒」的事件。這個隨著宇宙世紀開闢而誕生的「盒子」,據稱一經開啟將導致聯邦政府終結……
在化為戰場的殖民衛星中,巴納吉與父親重逢了,但這次的重逢卻也成為死別。而巴納吉也坐上了命運的白色MS獨角獸鋼彈,傳說中的獨角獸終於正式啟動……
搭上獨角獸鋼彈的巴納吉,在自己不明究理的狀況下擊退了瑪莉妲的攻勢。但此舉卻也引起有「紅色彗星再世」之稱的弗爾.伏朗託的注意,並親自以MS新安州對擬.阿卡馬發動攻擊。但就在這一刻,奧黛莉卻要巴納吉跟自己一起逃走?
「紅色彗星」伏朗託再度出現,並以紅色MS「新安州」襲擊擬.阿卡馬。聯邦軍雖以揭穿奧黛莉就是薩比家遺孤米妮瓦之事提出交換條件,卻未獲接受。巴納吉為了奧黛莉,決定以獨角獸鋼彈出擊與新安州對陣,卻因為瑪莉妲的剎帝利加入戰局而敗北,獨角獸鋼彈也因而落入伏朗託手中!
與獨角獸鋼彈一起被新吉翁帶回的巴納吉,被帶去與弗爾.伏朗託會面。而巴納吉也看到了伏朗託面具下的真面目,他真的是當年的「紅色彗星」夏亞嗎?另外聯邦方面為了將獨角獸鋼彈奪回,也開始採取了行動……
駕著獨角獸鋼彈出擊打算阻止戰爭的巴納吉,與打算前往地球的利迪與奧黛莉重逢。將奧黛莉託付給利迪之後,巴納吉卻遇上了新的對手!那是駕著剎帝利的瑪莉妲。但意想不到的結果卻發生了……
獨角獸鋼彈所顯示的座標,正是宇宙世紀的創始之地。看到塔克薩賭上性命而戰的巴納吉,他將如何抉擇?而降落地球的利迪與米妮瓦,又會遭逢什么樣的命運?
巴納吉的戰場穿越了大氣層,來到了灼熱的地面!在重力的底層下,是一片灼熱的大地。目睹重重的悲劇而陷入自暴自棄的巴納吉…他將激起某種決心!
即使要欺片自己的心,羅妮仍為了父親馬哈迪的目標而破壞達卡的市街。目睹此景的巴納吉,是否會離開辛尼曼身邊,面對獨角獸鋼彈…?
奧黛莉獨自一人展開逃亡之旅,在途中遇到的平凡餐廳老闆,卻讓她有所醒悟。而遭到聯邦軍逮捕的巴納吉,在面對畢斯特財團的脅迫利誘下始終不肯屈服,但最後讓他改變立場的,竟然就是奧黛莉!劇情即將劇烈轉折的第十集!