竹刀苦短，少女戀愛吧！

手持短竹刀，因為天生擁有能一步縮短五公尺的步法，而獲得別名「躍馬」的女高中生遠山櫻，自從她打敗了身懷不可視之絕招「雲耀」的謎樣男子(木神)龍之介後，因緣際會竟落得和他同住一個屋簷下的局面。與鳴神虎春統率的武術高手集團「編號者」扯上關係的櫻，藉龍之介之手改造並逐步磨練提升自己的劍術。但是，虎春伸出的魔手已經迫在眉睫－－獨一無二的美少女×短劍道正宗武打故事第一集！

能夠自在操作超長竹刀「大蛇」的修長劍士北河和巳為了將八年前的糾葛做個了結，終於將要和另一個雲耀「迅雷」的使用者鳴神虎春展開激鬥！另一方面，枉顧龍之介的忠告，被設計引誘離開家門的遠山櫻，逐漸步入曾讓龍之介陷於苦戰的忍者藤林祥乃的陷阱中！薄暮濛濛，面對驅使忍術和體術的強敵，進化後的跳馬【緩步】和【原地跳躍】足以招架嗎！？眾人被帶著不祥笑容的虎春所愚弄，戰鬥接連而起——！獨一無二的美少女×短劍道正宗武打故事第二集！

把握千載難逢的機會，使出絕招跳馬【改】成功捕捉到藤林祥乃的遠山櫻！但是，祥乃不會就這樣被解決，對付施展拿手絕活——制體技的櫻，她使出忍柔術再度奪回主導權！逆轉戲碼的下一幕是再逆轉！最後勝利者是……!?還有隔了八年後再度相逢的龍虎，榊龍之介和鳴神虎春！兩者的雲耀將清算所有一切，並且都不需要揮動到第二刀！決勝只在一瞬！勝負只在一擊！讓人驚愕的結局就該親眼見識！獨一無二的美少女×短劍道正宗武打故事最後一集！