聖魂武士

西元2051年，基因工程造就了人類無法控制的怪物……「夏海爾」。在美洲大陸淪陷後，日本成立了「侍所」，專門用來對付夏海爾的攻擊。侍所的新鮮人冢原武道，懷著猶疑的心加入了侍所；而身世成謎的他，卻被分配到特殊實驗部隊……。

「侍所」的新人冢原武道好不容易終於跟上進度，隨著訓練的進展，他的潛能也逐漸被開發，體內的秘密似乎也將呼之欲出。終於，『K計畫』第二階段展開了，他們來到硫磺島進行實戰訓練；不料「夏海爾」也正準備來打探「侍」的秘密……

硫磺島演習時遭到敵軍襲擊的冢原武道，好不容易終於擊退來犯的夏海爾。然而這一次事件卻讓高層警覺，夏海爾可能有著異常的動態……K計畫即將加速進行，為了避免進入毀滅性的第7階段，侍所的訓練也即將要跟著加快腳步了！

過去始終將自己的感情深埋在心底的伊藤隊長，在跟冢原長談之後，終於逐漸敞開自己的心門……但與此同時，先前一戰中所帶回來的夏海爾屍體，卻在實驗室中突然甦醒，迫使侍所的實驗部隊必須提早投入實戰……！

原本被隱瞞起來的神秘單位，遭到夏海爾的入侵。此時，特殊實驗部隊終於正式出動。伊藤、圓谷、黑澤，以及冢原都被編入特殊潛入部隊，在潛入的過程中，他們見到的又是什麼情景？留在地面上的九十九，又面臨為難的抉擇……！

隊長死了，第一小隊的人陷入愁雲慘霧中。在這種情況下，他們仍然得前往北美進行作戰計畫。在搬運核物資時，夏海爾突然發動的攻擊，使九十九意外被溪水捲走。為了救她，冢原決定在未得到上級許可的情況下采取行動……

為了營救身陷敵陣之中的冢原與九十九，侍所的特別部隊展開了救援行動。在鋪天蓋地而來的敵人群中，更是出現了一個能操縱電，使干擾系統失效，還能放出強大沖擊波的怪物……在敵陣當中奮勇作戰的冢原，究竟能否逃出生天？

伊藤始一尉之死，已經過了一段時間。這段時間內，實驗部隊被解散，部隊裡的大家被分配到了軍隊各個單位。夏海爾的威脅依舊存在，然而此時令人震驚的事情發生了，侍所研發的最新兵器，居然在運送的途中，連同最新型戰艦一起被人搶走！冢原究竟要如何追回這批武器……？

第三世代EMES被奪走、神永與圓谷等侍所內的領袖們失蹤……這一切雖然是神永一佐設計的計畫，卻讓侍所內瀰漫著一股詭譎的氣氛，更讓軍方的監察部有辦法藉此機會監控侍所。另一方面，夏海爾痛失幾名大將後，主意識「亞札達」終於打算派出具名指揮官，發動反擊……

主意識亞札達終於派出烏魯蘇拉格納率領的主力大軍，浩浩蕩蕩要攻打人類的防衛線。監察還在悠悠哉哉地等著看海軍被擊潰，九十九卻早一步料到事情不妙，決定出動瀰瀰切。然而在這次行動的背後，卻有著另外兩股陰謀正在暗中進行……

神永功所率領，代號「雪下」的秘密行動終於正式展開！原本侍所的各同僚們分頭作戰時，五六八卻被門脇給逮捕逼供，此時現身救她的人則是意外的角色！在謀奪二荒的行動中，又突然出現了一個熟悉的身影擋在冢原面前……

原先被認為已經戰死的伊藤始突然現身，而他事實上是與夏海爾同化了的這件事也同步曝光，他與過去的情人圓谷之對峙即將揭露「第四世代」計畫的秘密……！另一方面冢原傷勢恢復，卻因為腦子受到重創而陷入沉睡。為了喚醒他，丹波決定深入險境……

在丹波的努力之下，冢原終於醒來，眼中卻包含著濃濃的殺氣。便在此時，夏海爾也對雙么發動攻擊。人類好不容易炸掉了無人機的發信根據「熱田」，卻發現主將已經潛入基地之中！九十九率領禰禰切發動了特殊陣形，意圖以小博大，卻沒想到始的戰鬥力卻超乎她的想像……

就在冢原與伊藤爆發大戰時，一直處心積慮要奪權的門脇終於展開行動。他拿出的是足以媲美「一」的武器「左」，眼看著大勢已去，九十九預先安排的援軍石川正巧趕到！然而石川卻突然出刀攻擊九十九……究竟陰謀的背後，又隱藏了什麼樣的秘密……？