Code Geass 漆黑的蓮夜

少年的名字叫做蓮夜。武裝軍隊突然出現在努力學習學問與武術的他所居住的山間村莊，並展開攻擊。這時，自稱C.C.的神秘女性出現在想要拯救朋友們的蓮夜面前，並且提出能夠給他「力量」的契約。這個力量就名為「GEASS」。然而……!?

為了追逐把卡爾拉帶走的「knightmare」梅西，蓮夜等人離開了村子。這時候半裸的少女二葉突然出現在他們面前!!她把蓮夜視為「弒兄仇人」，並企圖奪走蓮夜的性命……!?而操控梅西企圖奪得卡爾拉的男子、流浪的女子C.C.、蓮夜擁有的那股與「GEASS」不同的「力量」……對許多謎團感到迷惑的蓮夜所找出的答案會是!?

為了把擁有不列顛尼亞王家血統的克萊兒送回祖國，蓮夜等人踏上了漫長的航海之旅。但是能夠自由自在的操控水的「knightmare」－－沃塔波伊卻阻擋在他們面前！？而當蓮夜等人停泊在某座島上時，等著他們的事物是？追尋「GEASS」根源的故事將進入新章－－！

在前往不列顛尼亞的旅途中，蓮夜在中途停靠的一座島上，與眾knightmare的幕後黑手達修展開對峙，並且因此得知寄宿在自己左手上的力量的真相。另一方面，在島上為了自己所深愛的人，而對抗征服者的年輕人艾斯泰伯等人，其命運究竟會是如何呢……！？

圓桌騎士——這是被譽為不列顛尼亞最強，直屬於皇帝的優秀騎士們的稱號。為了讓新皇帝即位，從大陸出來迎接克萊兒的他們，內心究竟有何想法……!?而不列顛尼亞首屈一指的名門——拜茵貝爾格家受到詛咒的過去，也將在此揭開全貌……！

蓮夜一行人終於登陸不列顛尼亞。但隨後阻擋在他們面前的，是失去自我的巨人與操控他的「大騙子」。雖然他們努力應戰，但卻受到傷害，使得蓮夜被迫做出重大決定……！現身在那裡的未知騎士們究竟又是何方神聖!?而謎團也開始解開。達修到底是什麼人？他到底有過什麼樣的經歷？他所揹負的「力量」又是什麼——？

為了獲得克萊兒與聖石，GEASS使用者羅倫佐逼近蓮夜等人。而他所打出的牌，居然是克萊兒的母親……？以及終於爆發的最後戰鬥！在聖石的秘密、與達修及蓮夜的宿命有關的過去、達修的「願望」等謎團全都揭開之後，蓮夜所掌握到的未來究竟會是!?追尋「GEASS根源」的故事，在此完結！