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五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在在四月十日，隨著一場奇怪的大爆炸，一名身穿盔甲手持大劍的神秘少女出現在了他的面前。這名少女的正體是“精靈”，是會給世界帶來災難的存在，而這名少女也正遭到對精靈部隊·AST的攻擊。“活下去的意志是最強的力量！”緋村劍心——《浪客劍心》。於是，有著會去幫助有困難、悲傷的人的溫柔性格的士道，主動提出要與精靈進行交涉的任務，隨後，世道發現了自己擁有的特殊體質，那就是通過接吻，來吸收並封印精靈的力量，並且將精靈受到致命傷恢復再生的能力。