伊甸園

一場全球性的大災難使得人類幾乎滅絕。艾諾亞與漢娜兩人雖然僥倖存活卻難逃被追捕的命運。在這個看似絕望的世界裡，今後他們該何去何從？

想有良好的行為；想做正當的事！小時候，大家都是這麼想的。當察覺到的時候，卻發現自己總是在做著壞事。為了讓自己變強、為了想要救妹妹的艾力亞接受訓練……。？

為了希望能讓全世界知道這塊土地上的人權受到壓制，過著貧苦的生活。瑪莉含將受到迫害的畫面利用通訊衛星轉播至全世界。但是沒想到對方竟派變形機器人殺盡所有的人…！

瑪莉含突然打來一通電話來告知健治說有恐怖份子準備進行爆破，也才得知瑪莉含背叛同伴是為了阻止恐怖行動連續發生……！當健治好不容易藉由電話得知瑪莉含的所在位置，但沒想到已有人設下陷阱……！

埋葬了海雷娜之後，艾力亞便帶著人造人雷提娜搭機準備前往澳洲雪梨。但是，他們所搭乘的飛機，卻遭軍機的飛彈擊中爆炸。另一方面，三島惠人一行人為了找出結晶化後的艾爾斯巖是否還有生還者，並採擷樣本，於是便穿著防護衣，冒著生命危險潛入了艾爾斯巖的結晶領域。

為了查出理查德‧愛魯德利奇與威魯海魯姆公司之間的關係，瑪克被派去尋找拉里‧愛巴森以及帕得力克‧鈕恩兩人…。另一方面，艾力亞帶著雷提娜搭機前往澳洲的途中，雖遭軍機的飛彈擊中爆炸，但兩人還是平安抵達。而後，艾力亞得知，原來雷提娜的另一個目的是想見馬亞，究竟他們兩個人的目的，是否都能達成呢…？

為了破壞埋進瑪娜體內的M‧M，艾力亞和米黎亞姆以及雷提雅，各帶著不同的目的，來到了凱恩斯尋找喬那山‧法因曼。而在此，他們見到的是如畫中般，和樂的一家人，但是，實際上…究竟法因曼能否幫助艾力亞呢…？

原父聯邦議長‧甘提，在搭機前往欲訪問國家的途中，不幸遭到綁架，究竟綁架他的主謀是誰？其原因又是什麼？另一方面，為了救出被抓去當人質的瑪娜，健治派出了他的弟子‧蘿吉，到底她能否救出瑪娜，而法因曼又是否能取出瑪娜身上的M‧M呢…？

因為蘇非亞，不幸敗在被自己的拋棄的孩子‧小蘭手上，並被帶回讀取，使得艾力亞一行人，想以潛水艇將瑪娜送出去的事曝光，究竟瑪娜是否能順利被送出去，而之後，瑪娜以及其他人的命運又將會如何呢…？

世界出現了大規模的地震，各地都受到了相當大的災害。為了爭奪物資，印度教徒跟伊斯蘭教徒更是不停地爭鬥。此外，結晶體也在此時大量產生，人們更寧可放棄現有的生活「進入」結晶體，甚至於卡布利海的位置更出現了一個巨大的結晶體，究竟它會帶來什麼樣的影響呢…？

健治一行人為了奪回被帶走的蘇非亞，追著李來到了馬爾的摩，李卻因不想透露蘇非亞的所在之處而自爆身亡，接著他們找上了李的女兒‧小蘭。但是卻被梅格斯搶先了一步，帶走了蘇非亞…。此外原父聯邦所積極在研究「大圓筒」究竟是否為電梯軌道，它與結晶體又著有什麼樣的關係呢…？

(完結篇)馬亞利用哈娜，將艾諾亞引誘進了大圓筒，在那裡他和想成為「新宇宙」的領導者的梅格斯進行了一場激烈的爭鬥…另一方面，「高重力磁泡」正逐漸在接近地球，一旦高重力磁泡爆裂，將會給地球帶來莫大的危機，究竟地球聯邦政府要如何阻止這個危機發生呢？