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本書共分上中下三冊。上冊是巴麻美和佐倉杏子的故事:新人魔法少女佐倉杏子結識了巴麻美,對巴的出色表現祟拜不已,進而拜她為師;巴麻美很高興有杏子這個並肩作戰的同伴。杏子與丘比簽約是為了讓牧師爸爸傳教順利,仍然爸爸發現杏子是魔法少女後,產生誤解和扭曲的想法,帶著老婆和小女兒自殺,此事大大地改變杏子的想法,進而與巴麻美分道揚鑣…
杏子與麻美搭檔,努力打倒魔女,但是她的願望引發了悲劇。因為這場悲劇,她在想法上開始與麻美漸行漸遠。另一方面,麻美與成為魔法少女的美樹沙耶香及其朋友鹿目圓一起行動。重逢的杏子與麻美,兩人會互相對立嗎──?
杏子、沙耶香,先後墜入魔法少女命中註定的絕望深淵。麻美也同樣地對身為魔法少女這件事感到失望,眼看就要放棄一切。但是,出手相救的是--?